Операционное отделение располагается на 2, 3 и 4 этажах БСНП. Его работа заключается в обеспечении и проведении операций круглосуточно в плановом и экстренном режиме.
На каждом этаже находится 3 операционных зала. Они отличаются друг от друга по цветовой гамме: 2-й – бирюзовый, 3-й – оранжевый, 4-й – синий. Все операционные блоки оснащены высокочастотными электрокоагуляторами МВС, медицинским отсасывателем ТАF-7000FD. В залах работает система воздушной застройки для подачи и регулирования воздуха, потолочные медицинские светильники Сола-500, Сола-700. Также залы оснащены современным оборудованием: видеоэндоскопическими, лапароскопическими видеостойками, инструментами фирмы «KARL STORZ» для проведения лапароскопических операций по гинекологии, урологии, хирургии, травматологии.
В операционных стоят озонаторы «ОРИОН». Они предназначены для стерилизации лапароскопических инструментов. А ультрафиолетовые камеры служат для хранения и поддержания стерильности инструментов и расходных материалов во время операции.